1528年，54岁的马哈茂德沙躺在病榻上，身边只有少数重臣。这位年过半百的苏丹心里清楚，在自己断续统治的40年中，他给国家带来的记忆多半是负面的。为此，他甚至连生命最后两年都在边缘的岛屿中度过。
马哈茂德沙，马六甲苏丹国末代苏丹，柔佛苏丹国实际的创始人
18年前，他出于种种目的杀害舅舅敦墨太修（TunMutahir，1450-1510）及其家族大多数男性成员，随后迅速逼迫表妹敦法蒂玛（TunFatima，1490-1560）解除原有的婚姻，改嫁给自己当继后。在惨剧发生的第二年，葡萄牙入侵苏丹国首都马六甲，他把苏丹之位丢给长子艾哈迈德（AhmadShahofMalacca，1490-1513），自己逃到柔佛，任由马六甲苏丹国首都被葡萄牙攻占。
1513年，马哈茂德沙宣布废黜艾哈迈德沙，同年将其以毒杀的方式赐死。传统认为马哈茂德沙此举是因为敦·法蒂玛诞下二王子阿拉丁·利亚特（AlauddinRiyatofJohor，1513-1564），因此动了“废长立幼”的心思。但《马来纪年》记载，直到1528年，苏丹王太子还是艾哈迈德沙的遗孤，即马哈茂德沙的孙子敦·穆萨菲尔（TunMusafir，1508-1563）。穆萨菲尔稍长，马哈茂德沙就把敦·法蒂玛与前夫所生的女儿许配给他。由此可见，马哈茂德沙晚年似乎还想着联结长孙与继妻之间的关系。
但马哈茂德沙临死前决定改由15岁的二儿子阿拉丁·利亚特继承苏丹之位，并把国家一分为二——阿拉丁·利亚特统治柔佛和苏门答腊东北岸的西亚克（Siak），改国号为“柔佛苏丹国”（TheSultanateofJohor）；马来亚北部霹雳州（Perak）交由他与吉兰丹妃子所生幼子穆扎法尔，即霹雳的穆扎法尔（MuzaffarofPerak，1516-1549）。原本的继承人穆萨菲尔则被安置到苏丹国南部边缘的西亚克，以防备逐步崛起的亚齐苏丹国。
16世纪20年代以来，亚齐与马六甲苏丹国（及其继承者柔佛）展开边境纷争。夹在亚齐（Aceh）和占碑（Jambi）中间的廖内（Riau）即西亚克（Siak）
随着统治马六甲海峡南北长达百余年（1403-1528）的马六甲苏丹国分治，马六甲苏丹王族所统治的区域正式分为三部分，即柔佛苏丹国、彭亨苏丹国和霹雳苏丹国。
柔佛危机
马哈茂德沙临终将储位变动至敦·法蒂玛所生之子并改国号，这些事情非常突然，以至于后世都把此事归咎于马哈茂德沙贪恋敦·法蒂玛美色而“废长立幼”。但除却敦·法蒂玛本身一直很照顾作为继孙兼女婿的穆萨菲尔，结合当时苏丹王庭的权力结构，能对此作出合理解释的便是“班达诃罗”（Bendahara，首相）敦·马哈茂德（BendaharaTunMahmud，1496-1560）的身份。
敦·马哈茂德是敦墨太修的侄子，在敦墨太修兄弟和家族大多数男丁被处决的时候，时年14岁的敦·马哈茂德被“蛇纹剑”（Kirs，马来传统蛇纹剑）刺穿额头。他在这种情况下带伤平躺，连续出血数日不死。苏丹心生怜悯，便安排御医为他治疗，并为此赦免敦墨太修家族其他男性幸存者（例如敦墨太修仅存的孙子敦·马特·阿里）。数年后，敦·马哈茂德成为时任“班达诃罗”的敦·伊沙甫（TunIsap，1480-1525）之女婿。
敦·伊沙甫出身宗室，是传奇首相敦·霹雳（TunPerak，1406-1498）的曾孙。敦·霹雳是马六甲苏丹国第二代苏丹伊斯干达沙（IskandarShah，1370-1424）的堂弟，曾于1456年至1498年官拜“班达诃罗”，权倾一时。在临终之际，敦·霹雳担心自己死后多疑的苏丹会残害自己的至亲，恳求马哈茂德沙不要重用自己的子孙，并且让敦·伊沙甫穿着麻布衣发誓永不沾染权门。
多年后马哈茂德沙为了遏制舅舅背后的泰米尔裔穆斯林（克林人，Kling）派系，强行违背敦·霹雳的遗愿，在迁都柔佛后连续让敦·霹雳的儿子敦·比克拉玛（TunPikrama）、孙子敦·火者·艾哈迈德（TunKhojaAhmad）和敦·伊沙甫在短短十年间接连出任“班达诃罗”。
敦·伊沙甫去世时儿子敦·比亚吉德（TunBiajid）年纪还小，因此他临终前夕提议苏丹让女婿敦·马哈茂德接班“班达诃罗”。敦·马哈茂德是苏丹王后敦·法蒂玛的堂弟，也是敦墨太修家族中仅存的中坚力量。
作为新国家第一任首相，敦·马哈茂德明白选择一个新君主对自己意味着什么——穆萨菲尔虽然当了15年苏丹王太子，但他的杀父仇人正是自己的祖父，马哈茂德沙生前的政令与人事安排很可能会在他死后被对祖父心怀不满的继承人完全否决。因此，在敦·马哈茂德的极力劝说下，马哈茂德沙最终同意易储，柔佛苏丹国真正意义上的开国君主阿拉丁·利亚特沙开启长达36年的统治。
阿拉丁·利亚特沙对于柔佛的治理本就中规中矩，且有母亲和堂舅的辅佐，使得柔佛苏丹国的经济、政治、文化都得以逐步恢复。但此时不同以往，昔日马六甲苏丹国能依靠与明朝的朝贡关系，在海上贸易中占据优势。随着葡萄牙人的入侵、明朝对海上来往日趋守势，以及亚齐苏丹国的崛起与扩张，阿拉丁·利亚特沙的统治压力远大于另外两个同宗苏丹国。
16-17世纪的柔佛海军
1560年，敦·马哈茂德去世，首相之位由其妻舅敦·比亚吉德继承；同一时期，苏丹王太后敦·法蒂玛去世。柔佛苏丹国成立之初的三根台柱，一下子崩塌了两根。而此时苏门答腊北部由占婆移民建立的亚齐苏丹国（AcehSultanate）国力逐步强盛，占婆人、巴塔克人和苏门答腊人联合起来，共同支持苏丹的事业。亚齐苏丹阿拉丁·卡哈尔（Alauddinal-Kahar，1537-1571在位）趁柔佛国丧之际，集结亚齐全部兵力，兵分两路进攻柔佛本土和西亚克。
1564年西亚克失陷，穆萨菲尔王子一家男丁尽数殉国，艾哈迈德沙一系断绝；同年柔佛都城沦陷，阿拉丁·利亚特沙被掳至班达亚齐。阿拉丁·利亚特沙拒绝附庸亚齐，阿拉丁·卡哈尔苏丹为此下令将阿拉丁·利亚特沙斩首示众。
苏丹被斩首一事震动整个柔佛，虽然在一众大臣的斡旋下亚齐同意退兵（代价是亚齐带走大量财富），但下一任苏丹穆扎法尔二世（1546-1570）与外戚、宗室之间的微妙关系成为柔佛往后百年不稳定的根源。
穆扎法尔二世继位时年仅18岁，是阿拉丁·利亚特沙的独子。阿拉丁·利亚特沙除了他之外还有几个女儿，其中一个女儿嫁给彭亨宗室阿里·贾拉（AliJalla，死于1597年）。在阿拉丁·利亚特沙被杀时，公主所生的阿卜杜勒·贾利勒（AbdulJalil，1562-1571）已经幼年。
穆扎法尔沙二世对于父亲把姐姐嫁到彭亨颇为不满（阿里·贾拉比公主年长近20岁），对于“班达诃罗”与其他大臣掌控朝堂也是大为不满。因此，他在短短的六年统治时间内先后娶了三个妻子，但最终只有一个女儿。
1570年，“班达诃罗”比亚吉德去世，他根据先前的约定，让外甥敦·米赛（TunIsapMisai，敦·马哈茂德长子，1520-1571）出任“班达诃罗”。敦·米赛想让苏丹娶自己的女儿，结果遭到苏丹拒绝；与此同时阿里·贾拉跟敦·米赛约定，许诺如果能让自己的长子阿卜杜勒·贾利勒成为新苏丹，就让其女成为新苏丹的王后（虽然敦·米赛的女儿实际比阿卜杜勒·贾利勒年长）。
在权势的驱动下，敦·米赛勾结御医毒杀穆扎法尔二世苏丹，从而强行把8岁的阿卜杜勒·贾利勒扶持为王太子，进入柔佛苏丹国马六甲苏丹王族的第二阶段——彭亨王朝。
彭亨苏丹王系的起伏
彭亨曾是马来亚中部内陆一个割据政权，统治者长期为本地的佛教徒贵族。1454年末代彭亨太守德瓦·苏拉（DewaSura）宣布从佛教改宗伊斯兰教，从而彭亨作为一个省份并入马六甲苏丹国。德瓦·苏拉的女儿莱拉·旺萨（LelaWangsa）是时任马六甲苏丹国王太子曼苏尔（后来的曼苏尔沙，明朝记为“芒速沙”，1432-1477）的妻子，育有两个儿子罗阇·艾哈迈德（RajaAhmad，1448-1519）和罗阇·穆罕默德（RajaMuhammad，1455-1475）。
1459年，第五任马六甲苏丹穆扎法尔沙（MuzaffarShahofMalacca，明朝记为“无答佛哪沙”，1410-1459）驾崩。在他给明朝使节留下的遗书中，明确孙子罗阇·穆罕默德（明朝记为“马哈木”）为未来苏丹王太子。曼苏尔与另一个苏门答腊苏丹王族出身的公主在1457年育有幼子阿拉丁·利亚特（AlauddinRiyatofMalacca，1457-1488，为方便与其孙子区分，后文称为“阿拉丁沙”），因此马六甲朝堂对具有彭亨血统的王太子实际上并不忠诚，尤其是穆扎法尔沙的表弟敦墨太修（穆扎法尔沙的生母是敦墨太修的姑姑）。
1470年罗阇·穆罕默德与敦·霹雳10余岁的小儿子下棋，后者赢了棋，盛怒之下的罗阇·穆罕默德拿起棋盘往敦·霹雳幼子头上砸去，致使其当场死亡。得知弟弟死于非命噩耗的敦·比克拉玛在敦墨太修的搀扶下跟父亲哭诉此事，敦·霹雳虽然也为老年丧子而悲痛，但他第一时间训斥敦墨太修，同时把敦·比克拉玛以囚犯的模式捆绑到宫廷，向曼苏尔沙请罪。
曼苏尔沙知道罗阇·穆罕默德闯下大祸，但当年父亲穆扎法尔沙留给明朝使节的继承人便是罗阇·穆罕默德，易储不好办理，因此只能把罗阇·穆罕默德安置到彭亨，以备风波淡化。
曼苏尔沙（图右黄衣服者）历史上以“礼贤下士”而闻名，图为曼苏尔沙向一代马来传奇勇士汉都亚（HangTuah）授予礼帽
罗阇·穆罕默德到彭亨仅仅五年就去世了，年仅20岁，两年后曼苏尔沙驾崩。由于罗阇·穆罕默德闯祸一事自始至终没有告知明朝，明朝派遣使臣至马六甲都是打着“册立满剌加马哈木沙”的名义。不幸的是，明朝使臣行至半程遭遇海难，全员罹难。敦·霹雳与敦墨太修给明朝使臣家属提供抚恤金，但也没有提及“易储”的问题，以“马哈木沙”的名义实际拥戴阿拉丁沙。
罗阇·穆罕默德胞兄罗阇·艾哈迈德面对满朝文武的羞辱，一气之下直接自命为“苏丹”，宣布彭亨独立。为此在长达40余年的时间里，阿拉丁沙、马哈茂德沙父子都在与罗阇·艾哈迈德、罗阇·曼苏尔（RajaMansur）父子时战时和。
彭亨与其他苏丹国略有不同之处：彭亨有过常年的“双苏丹”政体。虽然彭亨事实上的开国苏丹是罗阇·艾哈迈德，但罗阇·穆罕默德死后留有三个儿子。为了顾及侄子同时也能召集马来亚腹地人民对他的支持，罗阇·艾哈迈德实际上只掌权20年，1495年就让侄子阿卜杜勒·贾米尔（AbdulJamil，死于1512年）和儿子罗阇·曼苏尔共治国政。1512年阿卜杜勒·贾米尔苏丹去世，没有子嗣，便由其胞弟马哈茂德继承属于罗阇·穆罕默德这一系的苏丹王位。
罗阇·曼苏尔与父亲于1519年在动乱中被杀，罗阇·曼苏尔被杀时无子，身后仅留有一个女儿——罗阇·普丝帕黛薇（RajaPuspaDewi）。罗阇·普丝帕黛薇成年后嫁给堂叔罗阇·艾哈迈德（与其祖父同名），他们的儿子便是后来介入柔佛政治的阿里·贾拉。1570年，柔佛苏丹穆扎法尔二世被毒死，阿里·贾拉辅佐年幼的儿子上位。但好景不长，1571年，柔佛苏丹阿卜杜勒·贾利勒一世食物中毒夭折，年仅9岁。在柔佛群臣的建议下，作为彭亨宗室的阿里·贾拉成为柔佛苏丹国第四任苏丹，即阿卜杜勒·贾利勒二世（1571-1597在位）。
因此马哈茂德沙利用彭亨只剩下罗阇·穆罕默德一系子孙的情况，承认堂兄在彭亨的独一主权，条件是彭亨必须减少与吉兰丹的往来，以免吉兰丹势力南下渗透过多。为此，马来亚迎来“两个马哈茂德沙时代”（1519-1528）。
彭亨的马哈茂德沙有两个儿子：他最开始迎娶大伯罗阇·艾哈迈德的女儿奥娜公主（RajaPutriOlah），育有长子穆扎法尔（死于1540年）和扎因·阿比丁沙（ZainAbidinShah，死于1555年），奥娜公主死于1519年之前，没能成为苏丹王后；1519年与柔佛方面和解后，彭亨马哈茂德沙迎娶马六甲马哈茂德沙之女赫蒂彻公主（RajaKhadjia）为继后，有无子女待考。
1540年文莱没落贵族劫掠彭亨，苏丹穆扎法尔镇压过程中战死，扎因·阿比丁继位。扎因·阿比丁在位15年去世，身后留有三个儿子。长子曼苏尔二世在位五年（1555-1560），遭遇巽他印度教流寇跨海劫掠，在剿匪过程中战死，其身后留有三个女儿，没有存活的儿子，因此扎因·阿比丁苏丹次子阿卜杜勒·贾马尔（AbdulJamalofPahang，死于1575年）继位。但阿卜杜勒·贾马尔身体虚弱，与妻子只有一个女儿，因此他让同父异母弟弟阿卜杜勒·卡迪尔（AbdulKadir，死于1590年）与自己成为“共治苏丹”，直到1575年他去世为止。
值得一提的是，曼苏尔二世的女儿菩提公主（RajaPutih，生于1555-1560之间）成年后嫁给西亚克贵族罗阇·阿西夫（RajaAsif，穆萨菲尔的外孙），他们的孙子穆扎法尔（MuzaffarShahofPerak，1610-1654）以“彭亨别支”的身份入继霹雳州苏丹国。
阿卜杜勒·卡迪尔继承兄长君位之后，迎娶堂妹为妻，育有一子艾哈迈德（死于1617年）。但在艾哈迈德出生之前，阿卜杜勒·卡迪尔有庶长子阿卜杜勒·加富尔（AbdulGhafur，1567-1614）。苏丹为两个儿子先后迎娶文莱苏丹穆罕默德·哈桑（MuhammadHassanBolkiah，1582-1598在位）的女儿为妻，其中艾哈迈德有一女卡玛尔娜公主（RajaPutriKamarliah，生于1590年之前），而阿卜杜勒·加富尔有儿子罗阇·阿卜杜拉（RajaAbdullah，1588-1614）。阿卜杜勒·卡迪尔驾崩后，艾哈迈德继位，即彭亨的艾哈迈德二世。
左：依斯干达·穆达苏丹；右：塔姬·阿拉姆女苏丹（1641-1675在位）
阿卜杜勒·加富尔不满异母弟弟的统治，在1592年发动内战，把弟弟赶到苏门答腊。艾哈迈德二世在苏门答腊北部流离失所近二十年，直到17世纪初期遇到同样对亚齐苏丹王权有宣称的贵族依斯干达·穆达（IskandarMuda，1583-1636），在此处与第二任妻子诞下依斯干达·塔尼（IskandarThani，1610-1641），即亚齐苏丹国唯一一位出身马六甲苏丹王族的苏丹。不过依斯干达·塔尼与妻子塔姬·阿拉姆（Taj-Alam，1612-1675，依斯干达·穆达之女）没有长大成人的子女，因此随着依斯干达·塔尼的驾崩，马六甲苏丹王族在亚齐昙花一现的统治就此结束。
1614年，阿卜杜勒·加富尔苏丹与嫡子阿卜杜拉被毒杀，只剩下庶子阿拉丁。为此，彭亨全境都质疑阿拉丁谋杀父兄，没多久阿拉丁逃亡，后事无考。至此，阿卜杜勒·加富尔的后代至此只剩下孙女法蒂玛·巴达公主（RajaPutriFatimaPuteh，艾哈迈德王太子的女儿）和女儿库琳公主（RajaKuning，1614-1688以后），彭亨马哈茂德沙一系就此近乎绝嗣。
此时柔佛的当权者是阿拉丁·利亚特三世（1597-1615在位），这位苏丹借此机会兼并柔佛和彭亨，至此柔佛苏丹国在面积上达到顶峰——但并不代表柔佛得以重归马六甲苏丹国的荣光。
风雨飘渺的“帝国”
“柔佛帝国”是马六甲苏丹国灭亡以来，诸多继业者中统治面积最大的苏丹国共同体。其全盛之时，囊括马来亚西部、中部、南部，苏门答腊东北部，以及廖内-林加群岛。因为统治面积广阔，苏丹常常被冠以“斯利摩诃罗阇”（Sri-Maharaja）这一尊号。
但相较于被明朝史料记载为“西里麻哈剌”、在马来亚和马来群岛穆斯林社群均颇有威名的马六甲第三任苏丹穆罕默德沙（MuhammadShahofMalacca，1390-1444），柔佛帝国是否具备“帝国”能力方面常被质疑。
1615年阿拉丁·利亚特三世苏丹驾崩，其独子阿卜杜勒·贾利勒三世（1588-1677）即位，但旋即被叔父阿卜杜拉·马亚特（AbdullahMayyat，死于1623年）篡夺王位并流放至林加群岛。新苏丹暗杀侄子所有的妻妾和儿子，并迎娶尚在亚齐流亡的前彭亨苏丹艾哈迈德二世的女儿卡玛尔娜为妻，两人育有一子罗阇·巴嘉（RajaBajau，1616-1676）。
但随着艾哈迈德二世死在亚齐，依斯干达·穆达立即宣布与阿卜杜拉·马亚特的盟约作废，转而支持流亡林加的阿卜杜勒·贾利勒三世。1623年，阿卜杜拉·马亚特被暗杀，阿卜杜勒·贾利勒三世回到柔佛，再次成为苏丹。他没有杀害堂弟，而是把与已故原配所生的大女儿许配给罗阇·巴嘉，以此弥合家族纠纷。
“柔佛帝国”仪仗队，欧洲旅行者绘于17世纪
最开始的时候，阿卜杜勒·贾利勒三世积极配合亚齐针对葡属马六甲的军事行动。但随着荷兰与柔佛联军攻占马六甲（1641年），阿卜杜勒·贾利勒三世开始撕毁与亚齐、荷兰签订的协议，与亚齐势力范围内的占碑发生军事冲突。他的改变，与其在这期间与北大年苏丹国（TheSultanateofPatani，1902年被泰国吞并）的联姻有密切关系。
1632年，阿卜杜勒·贾利勒经吉兰丹出访北大年，拜访北大年女苏丹翁古女王（1624-1635年在位）。翁古女王年轻的时候嫁给已故彭亨苏丹阿卜杜勒·加富尔为继室，两人的女儿是库琳公主。但库琳公主年纪比侄女还小，在1614年阿卜杜勒·加富尔苏丹去世时尚未足岁，翁古本人也是在丧夫后回到北大年继位，成为临时过渡的女苏丹。
当今版图中的北大年（Patani）与邻近的陶公（Narathwat）、也拉（Yala）被合称为“泰南三府”，是泰国南部重要的穆斯林聚居区。实际上，“泰南三府”所覆盖的正是北大年苏丹国的故土
阿卜杜勒·贾利勒远比库琳年长，但此时他没有存活的妻妾，儿子早在多年前尽数被叔父暗杀，需要一场婚姻维系家族传承。因此，1633年，45岁的阿卜杜勒·贾利勒三世苏丹迎娶19岁的库琳公主，但随着两年后翁古女苏丹退位，库琳公主并没有成为柔佛帝国苏丹皇后，而是女承母业成为北大年女苏丹，直到1651年被吉兰丹苏丹强行安插族人而结束。
阿卜杜勒·贾利勒三世时期的钱币（左）与苏丹御用“六面章”（右）
罗阇·巴嘉对岳父（兼堂哥）再婚心生芥蒂，因为这意味着他的继承权很可能被库琳所生子女所取代。而且苏门答腊移民带来的问题就是占碑（Jambi）动荡，这个问题到17世纪30年代末期被亚齐、荷兰殖民者和罗阇·巴嘉很好利用了。大量苏门答腊移民并没有把荣誉带回原籍，相反阿卜杜勒·贾利勒三世尽可能切断他们与故土之间的联系，并组织海盗侵扰占碑，以防亚齐等苏门答腊苏丹国有机会干预柔佛。为此，占碑人的起义持续不断。
阿卜杜勒·贾利勒三世完全忽视自己本身就是依靠一众盟友的支持才有柔佛帝国的雏形。与此同时，荷兰殖民者在东南亚的行动也逐步增多，尤其是东印度公司成立以后，阿卜杜勒·贾利勒三世多次毁约更是引发荷兰殖民者的不满。
1641年葡萄牙人撤出马六甲，同年荷兰军队进驻。年底，罗阇·巴嘉在彭亨自立为“严端穆达”（YamtuanMuda），实际掌握着柔佛帝国的实权。在罗阇·巴嘉联合殖民者势力的进攻下，阿卜杜勒·贾利勒三世先是逃亡至北大年，1651年吉兰丹强行干预北大年，夫妻俩一路逃亡，往返于马来亚、苏门答腊与廖内-林加群岛周边。罗阇·巴嘉虽然掌握实权，但名义上也没有废黜岳父的地位。直到1676年，年迈的苏丹以88岁高龄重返柔佛——此时罗阇·巴嘉辞世，其子易卜拉欣（Ibrahim，死于1685年）同意接回外公，条件是他能成为未来柔佛苏丹国的王太子，不能让北大年一系的王族兼任（从后来北大年苏丹国的传承来看，易卜拉欣所提防的应该只有阿卜杜勒·贾利勒三世苏丹与库琳公主的外曾孙，北大年苏丹罗阇·巴卡尔，罗阇·巴卡尔父系出身吉兰丹苏丹国）。
年迈的苏丹只能接受外孙的条件，同意易卜拉欣成为王太子。次年，老苏丹驾崩，享年89岁。在易卜拉欣与吉兰丹、北大年签订的协议中，库琳回到北大年辅佐外曾孙罗阇·巴卡尔苏丹（死于1690年），不得再回柔佛。
罗阇·巴卡尔死后，他的妻子、女儿和外孙女相继继位，直到1716年吉兰丹派遣宗室通过婚姻的形式废黜女苏丹，另立新君，持续百余年的北大年“女主”时代才正式宣告结束。至此，北大年和吉兰丹苏丹家族在母系方面都具有阿卜杜勒·贾利勒三世和库琳公主的血脉。
易卜拉欣的继位并没有改变柔佛帝国的困局，随着8年后（1685年）他的离世，一个支离破碎且内讧不止的“帝国”留给他年仅8岁的儿子马哈茂德。
王族绝嗣
频繁的近亲结婚、混乱的局势，注定马哈茂德二世苏丹短暂的一生充斥着各种悲剧。在大臣们的记载中，这位年轻的苏丹是一个毫无廉耻的精神病患者，经常打骂大臣。而且他对于男女关系认知极度混乱，几乎所有服侍过他的宫女都被他“临幸”，甚至一些太监和年轻俊美的男子也难逃苏丹的“临幸”。然而似乎因为近亲结婚导致的体质，马哈茂德二世到死只留下一个残疾的女儿，而且这个女孩很快也夭折了。不过后世马来史学界普遍认为这种记载是“班达诃罗”派系为改朝换代提供合法性，从而污蔑马哈茂德二世，以便合理化他后来的暴毙。
17世纪后期柔佛帝国的武备，最下方为等级最高的“蛇纹剑”（Kirs）
马六甲苏丹王族曾经通过婚姻的形式弥补昔日的分裂，柔佛苏丹王系能通过出身彭亨的阿里·贾拉延续下来，而彭亨的王族也通过阿里·贾拉在柔佛的儿孙们弥合、重整。与此同时，象征着权势的血脉也通过各种公主（RajaPutri）流入到各地区的贵族中，从而使得外戚势力空前强大，尤其是通过多年组合逐步茁壮成长的“班达诃罗家族”（BendaharaFamily）。
敦·米赛的孙子敦·斯利·拉囊（TunSriLanang，1567-1659）曾于1586年至1615年间出任柔佛“班达诃罗”，亚齐入侵时被捕，后半生一直在亚齐的寓所中写书，这本书便是马来亚历史巨著《马来纪年》（SejarahMelayu）。
斯利·拉囊的孙女嫁给“哈德拉米人”（Hadramis，祖籍也门的阿拉伯后裔）敦·贾纳，两人生下一个儿子——敦·哈比卜·阿卜杜勒·马吉德（TunHabibAbdulMajid，1637-1697）。阿卜杜勒·马吉德自1670年开始长年担任“班达诃罗”，而马来亚几个重要的军政头衔“天猛公”（Temenggung，掌管军队统率）、“拉克萨马纳”（Laksamana，管理海军防务），也被阿卜杜勒·马吉德的兄弟们所占据。
阿卜杜勒·马吉德是易卜拉欣苏丹第一任妻子的哥哥，他以“国舅”的身份主管朝政，辅佐年幼的苏丹。很快，大家逐步聚集到阿卜杜勒·马吉德周边，认为苏丹就是一个“荒诞的精神病”，真正的一国之君应该是“班达诃罗”。
1697年，阿卜杜勒·马吉德病逝，享年60岁。他的长子阿卜杜勒·贾利勒（AbdulJalilibnAbdulMajid，1656-1721）成为“班达诃罗”。2年后，马哈茂德二世苏丹在一次出行中意外死亡：有说法是他试图侮辱一个英俊的士兵，被士兵用蛇纹剑刺中心脏；另一种说法是食用带有剧毒的海鲜，浑身抽搐而死；还有一种说法便是年轻的苏丹日常辱骂部下，因情绪过于激动而猝死。随着马哈茂德二世的无嗣而终，自拜里米苏拉立国以来，统治马六甲海峡近300年的马六甲苏丹王族就此绝嗣，马来亚新的时代也在各派系的斗争中拉开帷幕。
附一霹雳州的西亚克·马六甲苏丹王族
1636年，霹雳州萨拉胡丁苏丹（Salehuddin）在没有子嗣的情况下辞世。霹雳州立国百年，至他一代已经有九任苏丹，但代际仅有五代，且多半无嗣。萨拉胡丁的去世，意味着霹雳州穆扎法尔苏丹一系男丁断绝。
萨拉胡丁临终把外甥女婿穆扎法尔（1610-1654）收为养子。穆扎法尔是彭亨苏丹曼苏尔二世（死于1560年）的外曾孙，祖父罗阇·阿西夫是敦·穆萨菲尔亲王的外孙；与此同时，穆扎法尔成年后迎娶彭亨王太子罗阇·阿卜杜拉的独生女法蒂玛·帕坦公主，法蒂玛·帕坦不仅仅是罗阇·阿卜杜拉王太子的遗孤，同时也是萨拉胡丁的外甥女，是当时霹雳州屈指可数的旁系贵族之一。
因此，西亚克贵族穆扎法尔在1636年加冕为霹雳州苏丹，自此之后直到今天的霹雳州苏丹王室均为穆扎法尔和法蒂玛·帕坦公主夫妇的直系后代，“西亚克·马六甲”（Siak-Malacca）的家族联合延续至今。
附二1528-1699之间马六甲苏丹王族苏丹继承情况
（1）柔佛
（2）彭亨
（3）霹雳州